While Chief of the Army in 1963, Onganía helped crush the 1963 Argentine Navy Revolt by mobilizing troops that seized rebelling Navy bases. Trong khi nắm giữ cương vị Tư lệnh Lục quân năm 1963, Onganía đã giúp đè bẹp Cuộc nổi dậy Hải quân Argentina năm 1963 bằng cách huy động lực lượng quân đội bắt giữ các căn cứ của Hải quân.
His presidency was marked by violent confrontations between rival military factions, culminating in the 1963 Argentine Navy Revolt, which Guido's government successfully suppressed. Chủ tịch của ông bị đánh dấu bởi các cuộc đối đầu dữ dội giữa các phe phái quân sự đối nghịch, đỉnh điểm là cuộc nổi dậy Hải quân Argentina năm 1963, mà chính quyền Guido đã đàn áp thành công.